根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)）規(guī)定：企業(yè)實(shí)行“統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫(kù)”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。即企業(yè)總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算包括企業(yè)所屬各個(gè)不具有法人資格的營(yíng)業(yè)機(jī)構(gòu)、場(chǎng)所在內(nèi)的全部應(yīng)納稅所得額、應(yīng)納稅額。但總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)都有對(duì)當(dāng)?shù)貦C(jī)構(gòu)進(jìn)行企業(yè)所得稅管理的責(zé)任，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分別接受機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)的管理。在每個(gè)納稅期間，總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)預(yù)繳企業(yè)所得稅。等年度終了后，總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計(jì)算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。這樣，就為分支機(jī)構(gòu)合理節(jié)稅提供了政策依據(jù)和保障。
當(dāng)企業(yè)設(shè)立分支機(jī)構(gòu)時(shí)，由于設(shè)立初期分支機(jī)構(gòu)面臨高昂的成本支出，所以虧損的概率較高，通常采用分公司的形式較為合適，可以享受和總部收益盈虧互抵的好處。經(jīng)過(guò)兩三年的經(jīng)營(yíng)期間，分公司開(kāi)始轉(zhuǎn)虧為盈時(shí)，再把分公司變更注冊(cè)為子公司，這樣可以降低分支機(jī)構(gòu)對(duì)總機(jī)構(gòu)的法律影響。
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